宅基地使用權(quán)不得向城鎮(zhèn)居民流轉(zhuǎn)的規(guī)定已使宅基地上房屋的價值遠(yuǎn)低于其真實(shí)的市場價值，這足以體現(xiàn)法律的否定性評價和導(dǎo)向作用。如果因行使宅基地上房屋所有權(quán)的具體權(quán)能必定涉及宅基地的使用而認(rèn)為宅基地上房屋的轉(zhuǎn)讓必須與宅基地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓同時進(jìn)行，進(jìn)而認(rèn)為禁止宅基地使用權(quán)向城鎮(zhèn)居民流轉(zhuǎn)就意味著禁止宅基地上房屋向城鎮(zhèn)居民流轉(zhuǎn)，則是對宅基地上房屋獨(dú)立價值的過度否定，也是對實(shí)踐中普遍存在的小產(chǎn)權(quán)房現(xiàn)象及其中體現(xiàn)的農(nóng)民個人及群體利益的漠視，因此顯然不成其為合理的法律解釋。

專家認(rèn)為，盡管土地管理法、物權(quán)法不提倡農(nóng)村宅基地上房屋的買賣、出租等行為，但這些法律關(guān)于限制宅基地使用權(quán)交易流轉(zhuǎn)的規(guī)定，并不當(dāng)然否定宅基地上房屋交易流轉(zhuǎn)的效力。對國務(wù)院有關(guān)禁止宅基地使用權(quán)及宅基地上房屋向城鎮(zhèn)居民流轉(zhuǎn)的規(guī)定，應(yīng)該認(rèn)為前者與土地管理法、物權(quán)法精神一致，在司法中得予適用；而對于后者，應(yīng)認(rèn)為是管理型的規(guī)定，在確定宅基地上房屋買賣、租賃等合同效力時，不能作為否定合同效力的依據(jù)。因此，在宅基地使用權(quán)人與城鎮(zhèn)居民關(guān)于宅基地使用權(quán)及宅基地上房屋的交易流轉(zhuǎn)協(xié)議中，在否定宅基地使用權(quán)交易流轉(zhuǎn)效力的同時，如無無法履行等情形，應(yīng)對宅基地上房屋的交易流轉(zhuǎn)效力予以認(rèn)可，否則在當(dāng)前此類交易已很普遍、且不違背大多數(shù)農(nóng)民意志的情況下，動輒一概否定其法律效力，將嚴(yán)重?fù)p害誠信原則，導(dǎo)致雙方利益失衡。

現(xiàn)實(shí)生活中，農(nóng)民在宅基地上建造住宅時，因資金、能力有限而與他人共同建造的現(xiàn)象比較普遍。共建人中非本集體經(jīng)濟(jì)組織成員一方往往是親戚、朋友，可能是農(nóng)民，也可能是城鎮(zhèn)居民，但都對該塊宅基地?zé)o使用權(quán)。共建人往往約定房屋產(chǎn)權(quán)分配份額，但由于現(xiàn)時的政策，共建人中往往只有本集體經(jīng)濟(jì)組織成員一方能取得宅基地使用權(quán)證和房屋產(chǎn)權(quán)證。因此，當(dāng)共建雙方對建成的房屋因分配發(fā)生糾紛或已分配后一方反悔發(fā)生糾紛訴至法院時，法院如何適用法律便常常成為實(shí)務(wù)中的疑難問題。對于農(nóng)村宅基地上共建房屋的行為，法律并無明確規(guī)定，雖系不動產(chǎn)（房屋）物權(quán)的原始取得，不涉及交易流轉(zhuǎn)，但因國家政策的原因，人們往往認(rèn)為共建人必定共同行使宅基地使用權(quán)，違反了非本集體經(jīng)濟(jì)組織成員不得成為宅基地使用權(quán)人、宅基地使用權(quán)不得向城鎮(zhèn)居民流轉(zhuǎn)（包括部分流轉(zhuǎn)）的規(guī)定。因此，關(guān)于共建房屋分配份額的約定往往被認(rèn)定無效。事實(shí)上，這種觀點(diǎn)忽視了占有、使用（部分）宅基地與成為宅基地使用權(quán)人的區(qū)別，忽視了兩者在經(jīng)濟(jì)成本上的差別和法律上的區(qū)分，把宅基地上部分房屋的所有權(quán)人與宅基地使用權(quán)人強(qiáng)行合一了。根據(jù)前文的分析，宅基地上房屋所有權(quán)整體都可以與宅基地使用權(quán)分離行使，則舉重以明輕，共同建成的宅基地上房屋的部分所有權(quán)當(dāng)然得與宅基地使用權(quán)分開行使。